João Pereira começou a jogar futebol nas escolas do Domingos Sávio, mas aos 9 anos foi detetado pelos "olheiros" do Benfica, e foi nas oficinas do Estádio da Luz que fez a sua formação, tornando-se internacional em todos os escalões jovens, destacando-se particularmente numa Seleção de Juniores que esteve no Europeu de 2003, onde Portugal perdeu na Final com a Itália.
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